Haksız yere ölümden kaçtığını düşünen Shikishima, hayatta kalan bir Kamikaze pilotu olarak, Odo Adası'nda bir grup savaş uçağı mühendisi ile birlikte devasa bir canavar ile karşı karşıay gelir. Mühendisler, Shikishima'nın canavarı oyalama görevini yerine getirememesi nedeni ile öldükten sonra, özellikle de evine bir evsiz kadın ve bir bebek taşındıktan sonra, onun üzerinde ağır bir suçluluk duygusu oluşur. Shikishima, artık kişisel bir misyon ile Godzilla olarak bilinen canavarı nihayet yok etmek için bir askeri grup ile bir araya gelir. Ancak, Shikishima'nın karşılaştığı zorluklar bunun ile sınırlı değildir.
