Bir sanat koleksiyoncusu, Kutsal Kâse'yi aramak için Indiana Jones'a başvurur. Bir başka arkeoloğun kâseyi ararken kaybolduğunu öğrenir ve kayıp kişinin kendi babası, Dr. Henry Jones olduğunu öğrenir. Bu eseri bulmak beklediklerinden daha zor bir görevdir ve kâsenin güçleri, kalpleri saf olmayanları etkisi altına almaktadır. Kutsal Kâse'nin izini sürerken, arkeologlar kendilerini tarihin derinliklerinde büyülü bir dünyanın içinde bulurlar. Bu eski nesnenin peşindeki diğer kişiler de ortaya çıkar ve mücadele daha karmaşık hale gelir. Yolda, Indiana Jones ve babası, Kutsal Kâse'nin insanların içsel arayışlarını temsil ettiğini keşfederler.