Thomas, kendisini büyük yüksek duvarlarla çevrili, değişen labirentlerle dolu bu yerde bulur. Thomas'ın hafızası silinmiştir ve bu labirentteki diğer gençler de aynı durumdadır. Labirent, her gece değişen bir yapıdadır ve içinde yaşayan gençler, labirentin çözülmesi ve dışarı çıkmanın yollarını aramaktadır. Ancak bu zorlu görev, gizemli yaratıklar olan Griever'ların ve labirentin şifrelerini çözmeye çalışan ölümcül bir organizasyonun varlığı nedeniyle oldukça tehlikelidir. Thomas, labirentin anahtarını çözmeye yönelik özel bir yeteneğe sahiptir. Hikaye, izleyiciyi gerilim dolu bir yolculuğa çıkarırken, gençlerin kim olduklarını, neden bu tuhaf ortama getirildiklerini ve labirentin amacını keşfetmeye çalışmalarını anlatır.
