Yuta, Tsukiji Balık Pazarı'nda genç bir usta, karışık deniz ürünlerinden oluşan öğününü yanlışlıkla Sumida Nehri'ne düşürür. Bir süre sonra devasa bir mutasyona uğramış kalamar canavarı derinliklerden yükselir ve Tokyo'ya büyük bir yıkım vermeye başlar. Japonya Öz Savunma Kuvvetleri'nin yaratığı durdurmaya yönelik çabaları boşa çıkar. İşler daha da kötüye gidecek gibi görünürken, devasa bir mutant ahtapot canavarı derinliklerden çıkar ve devasa kalamar ile titana karşı çarpışmaya gider. Son bir çare olarak, hükümet Deniz Mahşeri Canavar Saldırı Timi’ni oluşturur ve hemen yeni bir saldırı planı devreye alınır.
