Karasineklerden mutantlar yapmak isteyen Baxter Stockman’ı avlamak isteyen Tekno Kozmik Araştırma Enstitüsü bir filo gönderir. Onu basarak olduğu yerde işin bitirir ve kendileri de çıkan patlamada son anda kurtulur. Yaşanan olaydan on beş yıl sonra Ninja kaplumbağalar yıllar sonra ortaya çıkan Stockman tarafından insansı mutantalara dönüşür. Gecenin karanlığında sessizce ilerlerken bir binanın tepesine çıkar ve orada planlarını yaptıktan sonra harekete geçerler. Daha sonra kalan diğer mutant arkadaşları ile tanışır ve bundan oldukça mutlu olurlar. Mutantlar da onlar gibi herkes tarafından dışlanmıştır.
