Günün birinde gelecekten birisi günümüze geldiğinde ninja kaplumbağalar için her şey değişir. Çünkü gelecekten gelen bu yolcunun aşırı derecede önemli bir mesaj taşıdığını öğrenen ninja kaplumbağalar mesajı öğrenince aşırı derecede şaşırır. Mesajın içeriği şu şekildedir. Dünya büyük bir tehlikenin kıyısındadır ve uzaylılar dünyaya varıp burayı sonunda istila edeceklerdir. Bunun üzerine ninja kaplumbağalar dostlarıyla beraber bu istilanın üzerinden gelmeye çalışır. Krang adında ki bu tür aşırı derecede güçlüdür fakat bu Ninja kaplumbağa kardeşliğini yıkacak veya pes ettirecek bir durum değildir.
