Alice çok korkunç bir uykudan yeni uyanmıştır ve bir de görür ki en büyük korkularının hepsi birer birer gerçekleşmiştir. Kendisinin ve ordunun peşinde olduğu Ölümsüzler şehre salınmış ve adeta onu ele geçirmişlerdir. Alice kendisinin bir deney olduğunu anladığında yeni güçler de kazanır. Bu yeni kazandığı güçler Alice'e karşısına çıkan yaratıklar ile savaşırken çok yardımcı olacaktır. Raccoon şehri adeta bir harabeye dönmüştür ve her yerinde canavarlar ile beraber askeri birlikler dolanmaktadır. Alice toparlanmalı ve şehri kurtarmanın yolunu aramaya başlamalıdır.
