Gizli MiB örgütünün en yeni ajanı olan M Ajanı, kozmopolit Londra'da kahraman Ajan H'nin himayesine girer. Görevlerine başladıklarında, M ve H, Dünya'yı tehdit eden bu galaktik tehlike karşısında zorlu bir yolculuğa çıkarlar. Yabancı aristokratın ölümünün ardındaki sırları çözmeye çalışırken, çift şekil değiştirebilen suikastçılarla yüzleşirler. Ancak, bu görev sırasında MiB örgütü içindeki güvensizlik artar. Ajansın içinde bir hain olabilir mi? M ve H, örgütlerini korumak ve Dünya'yı korumak için hem uzaylı tehditle hem de içeriden gelen tehlikeyle başa çıkmak zorundadır. İkisi de zorlu kararlar vermek zorundadır.
