MiB adlı özel ajans, uzaylıların gözetimini yapan bir tür terörist gözetim kuruluşudur. Bir gün, ajansın en yetenekli adamı olan "K" adıyla bilinen biri, ajansa yeni bir üye eklemek için göreve çıkar. Seçtiği kişi, New York Polis Departmanı'ndan James Edwards'dır. Ancak bir gün, bir UFO Dünya'ya çarparken, içinden bir uzaylı çıkar. Bu uzaylı, bir çiftçinin bedenini ele geçirir ve New York'a doğru yol alır. Amacı, Galaksi adını taşıyan bir süper enerji kaynağını bulmaktır. Şimdi, J ve K adlı ajanlar, bu uzaylının galaksiyi kaçırmadan önce durdurmak zorundadır.