USS Enterprise, Federasyon'un uzayın sınırlarında bulunan Starbase Yorktown'a uğradıktan sonra, bilinmeyen bir alien dalgası tarafından durduruldu. Gemileri yok edildi ve mürettebatları bilinmeyen bir gezegende mahsur kaldı. Kurtarma için herhangi bir yol bulunmadığında, onları bekleyen bir düşmanla savaşmak zorunda kaldılar. Bu düşman, Federasyon'a ve onun temsil ettiği her şeye karşı derin bir nefret besliyordu ve galaktik bir savaşın başlamasına yol açabilecek ölümcül bir tehdidi durdurmak için tek umutları, isyankar bir yabancı savaşçısının yardımıydı. Ancak, gemilerinin yok oluşundan sonra mürettebatın karşılaştığı zorluklar sadece düşmanlarının saldırısıyla sınırlı değildi.
