Amiral James T. Kirk, Starfleet Akademisi'nde geçirdiği yılların ardından emekli olmuş gibi hissetmektedir. Artık genç kadetlere ders vermek, ona geçmişteki maceralarını hatırlatmaktan başka bir şey yapmamaktadır. Ancak bu seferki seyahati, sıradan bir eğitimden çok daha fazlasını vaat etmektedir. USS Enterprise'ın bu eğitim seyahati sırasında, Khan Noonien Singh'in beklenmedik bir şekilde ortaya çıkmasıyla her şey değişir. Khan, yıllarca süren sürgününden sonra, gezegenler arası bir krizi başlatmak üzere geri dönmüştür. Ceti Alpha VI gezegeninin patlamasının ardından, Khan ve takipçileri, beşinci gezegeni Mars benzeri bir cennet haline getirmişlerdir.
