X-Men ekibi Magneto'yu mağlup edip onu görünüşte geçit vermeyen plastik bir hücreye hapsetti. Nightcrawler Beyaz Saray'a sızar ve Başkan'ı öldürmeye teşebbüs eder, bu da hükümetin anti-mutant önlemlerini başlatmasına yol açar. Bu sırada Logan, geçmişini keşfetmeye çalışmaktadır. Bilim adamı Stryker, Profesör X'in gizli okulu ve Cerebro'yu keşfederken, Magneto'nun ortağı Mystique ise liderini hapisten kurtarma planları yapmaktadır. Ancak Profesör X'in okulu Stryker'ın güçleri tarafından saldırıya uğradığında, Logan, Rogue, Iceman ve birkaç şanslı kişi kaçmayı başarır. Geriye kalanlar Boston'da buluşurlar ve Stryker'ı durdurmak için Magneto ile ittifak kurarlar.
