Apocalypse, Marvel'in, X-Men evreninden gelen ilk ve en güçlü mutant olarak, birçok başka mutantın güçlerini bir araya getirerek ölümsüz ve yenilmez hale geldi. Binlerce yıl sonra uyanıp dünyayı bulduğu gibi gördüğünde hayal kırıklığına uğradı ve insanlığı temizlemek ve kendisinin hüküm süreceği yeni bir düzen yaratmak için kalpleri kırık Magneto dahil olmak üzere güçlü mutantlardan oluşan bir ekip topladı. Dünya'nın kaderi dengede olduğunda, Raven ve Profesör X'in yardımı ile genç X-Men ekibini en büyük düşmanlarını durdurmak ve insanlığı tamamen yok olmaktan kurtarmak için öncülük etmeleri gerekiyor.